Patojen, hastalığa neden olan her türlü organizma ve madde. Bu terim çoğunlukla çok hücreli organizmaların işleyişini ve hücre bütünlüğünü bozan yapılar için kullanılır; ancak bunun yanında, tek hücrelileri etkileyen patojenler de vardır. Patojen kelimesi, Antik Yunanca’daki “pathos” (acı) ve “genesis” (oluşma) kelimelerinin birleşimidir.